顺治的母亲，康熙的祖母。后宫的干预使辅政大臣们不得不对此案进行改判。

第一批获得赦免的有利类思、安文思、南怀仁和许保禄，他们被释放出狱；汤若望从轻处置，由凌迟改为斩首。看来，辅政大臣们仍然不想放过汤若望。可是，四天后，在太皇太后的干预下，此案再次改判，刑部宣布汤若望对荣亲王葬期并不知晓，情有可原，死罪可免，决定取消死刑，释放出狱。至此，西方传教士全部得到了赦免，但是，钦天监的汉人官员就没那么幸运了。李祖白等五名汉人官员仍被斩首。不过，许青屿（那个为《天学传概》作序的）由于不是教民，仅作削籍处置。据陈占山《杨光先评传》说，审判结束后，政府对传教士做如下处置：仍准汤若望等四位原来在京的传教士留居北京（原判为充军），但禁止传教；其他由全国各地押解至京受审的二十多位耶稣会士、多明我会士和方济各会士等，均押赴澳门。“以杨光先为代表的中国落后保守势力的排教活动，至此基本上达到了预期的目的”。

康熙历案后，西方传教士从钦天监中被尽数清除，朝廷任命杨光先管理钦天监，先是任他为右监副，杨光先一再推辞，五次叩阍辞疏。朝廷皆不准。在辞疏中，杨光先提出种种理由，所谓“六不敢受职之畏”“二不敢受职之羞”，概而言之，即自己学识不够，难以胜任。他在奏疏中说，官以“钦天”名，必精于历数历理者，而他是“止知历理，不知历数”，“但知推步之理，不知推步之法”。这一点，他倒是有自知之明。的确，仅凭他对历法的那点皮毛知识，捣乱尚可，办正事万万不能。因此，接到任命，他吓得“汗流浃背”，无论如何不敢接受。但是，朝廷以为他是谦辞，五次驳回他的奏疏，不仅如此，还把授予他的监副改授为监正。

这一来，杨光先骑虎难下了，只能走马上任。上任之初，他罢西洋新法，试图恢复大统历，由于得不到相关人员的支持，加上大统历本身错误百出，此举困难重重。此后，他不得不寄希望于回回历，奏请吴明炫（此时已改名为吴明烜）为钦天监监副，以为臂助。

转眼三年过去了。十四岁的康熙皇帝开始亲政，朝中风气大变。康熙是个勤政好学的皇帝，从幼年开始便不分寒暑，昼夜苦读。除了对中国传统学问手不释卷，精研深读外，他对西方科技也颇感兴趣，并对天文、地理、算学等进行过认真研究。康熙历案发生时，他尚年幼，当政后重新审理此案，凭借的正是自己对天算学的深入了解。他曾这样说过：“尔等惟知朕算术之精，却不知朕学算之故。朕幼时，钦天监汉官与洋人不睦，互相参劾，几至大辟。杨光先、汤若望于午门外九卿前，当面赌测日影，奈九卿中无一人知其法者。朕思，己不知焉能断人之是非，因自发愤而学焉。”

康熙对西方科技的虚心学习态度使杨光先的日子不好过了。在这之前，钦天监的工作屡屡出错。康熙五年（1666年）的两次日食都出现误差，引起非议。是年二月，杨光先奏请朝廷，请求采用北齐的候气之法，可这一千二百多年前的古法早已失传。杨光先四处延访，两年未果。与此同时，历法错误越来越多。

朝廷此时又想到了西洋新法，由于汤若望已病逝，决定起用他的学生南怀仁治理历法。康熙七年（1668年）七月，钦天监呈奏新制的康熙八年（1669年）七政民历。该历由吴明烜按回回历体系制作。结果其中出现两次春分、两次秋分，而且算错了闰月的时间。南怀仁发现后，具疏题参。可是，这份奏报起先遭到了辅政大臣的扣留。此时，四大辅臣中索尼、苏克萨哈已死，剩下鳌拜和遏必隆两人，同旗结党，把持朝政。尽管他们横加阻挠，但这份报告最终还是到了康熙皇帝的手中。

这是一个历史性的转折时刻。康熙皇帝下令调查此事。谕旨要求各派历法人员放下门户之见，本着谁对听谁的原则，“务须实心，将天文历法详定，以成至善之法”。根据康熙的谕旨，一次由各派历法人员参加的天算大会召开了。据《汤若望传》中记，这次大会召开的时间是康熙七年（1668年）圣诞节后的第二天。经过激烈的辩论，西洋新法完全占据上风，而杨光先和吴明烜所修的七政民历错误百出，受到极大的孤立。

在事实面前，杨光先仍然强词夺理，进行狡辩。会后觐见皇帝，南怀仁提出，应进行一次实地验证，以资证明各派方法的对错与优劣。对于这一提议，两名辅政大臣也无法反对。验证的结果很快出来了。在大学士图海等二十多位官员的监督下，“南怀仁所言悉应，吴明烜所言悉不应”。这是一次完美的胜利，西法的优越性和科学性也得到了充分的证明。

不久，杨光先被罢职，交刑部议罪，上命夺官免死。而南怀仁接替监正一职，继汤若望之后重新执掌钦天监。

康熙八年（1669年）五月，鳌拜案发下狱，遏必隆也被治罪。此后，南怀仁上疏，状告杨光先、吴明烜依附鳌拜，捏词陷人，诬告汤若望，致李祖白等无辜被戮，请求平反昭雪。下议政王等议，判杨光先斩刑，吴明烜杖流。后康熙念杨光先年老，免其死，遣返原籍(于返籍途中